La época de la colonia había instaurado un sistema de abuso, violencia e imposición de una cultura y religión nueva, estas fueron las causantes para que generara un sentimiento de resentimiento y rencor hacia los españoles lo que llevó a una serie de levantamientos de parte de los indígenas desde los años de 1554. Pero estas primeras revueltas no fueron verdaderos intentos de independencia, pero sí son los primeros brotes que culminan con los grandes levantamientos indígenas de 1791.

Las protestas contra los abusos de las autoridades españolas, el aumento de impuestos y el estanco del tabaco no tuvieron la intencionalidad política de romper con el nexo colonial; pero fueron forjando una práctica de lucha contra las instituciones, que contribuyó a desarrollar una conciencia política y una reafirmación de autonomía.

Uno de los más importantes movimientos de protesta contra el estado colonial se produjo en México en 1623 y culminó en el incendio del palacio de Gobierno y en la renuncia del virrey Gelves, por exigencia de criollos y mestizos ante los elevados impuestos. Cuatro años después se rebeló el obispo Manso, en pos de la abolición del repartimiento indígena y la administración local para los criollos. Esta reivindicación, hecha por primera vez en América Latina de manera tan tajante, fue elevada al virrey Escalona por el obispo Juan de Palafox, provocando la crisis y la movilización popular de 1645. Palafox no estaba dispuesto a romper con la monarquía española, pero la dinámica de su movimiento conducía al enfrentamiento con el estado colonial.

Cuando llegó Toledo al Cuzco, todavía quedaba en Vilcabamba el últimobastión de la resistencia indígena. La resistencia, que inició el Inca Manco, quién llegó asitiar durante ocho meses la ciudad de Cuzco, y continuó su hijo Tito Cusi, eracapitaneada ahora por otro hijo de Manco, Túpac Amaru. Aunque éste y los indios quele eran fieles en la región de Vilcabamba parece que no significaban ningún peligro parael dominio español, Toledo quiso terminar con la resistencia indígena, envió unaexpedición contra Túpac Amaru I (1545 – 1572) y ordenó luego la innecesaria muerte del inca vencido, muerto en el patíbulo por orden del virrey Toledo su cabeza fue exhibida por algunos días en una picota en la plaza. Así terminaba la conquista española, a los cuarenta años de iniciada, y quien la consuma es precisamente Toledo, el organizador de la nueva sociedad colonial.

El 1779 Tomas Katari caudillo que se levantó en Macha (Chayanta-Potosí) en contra del gobierno español, los reclamos comienzan por la usurpación del derecho a cacique por parte de Blas Bernal, Katari presenta su caso ante el virreinato del río de La Plata, de regreso a Chayanta sin esperar la resolución legal, se autonombra cacique a raíz de este hecho fue apresado y conducido a la comunidad de Aullagas donde fue liberado por sus seguidores, pero el 12 de diciembre de 1779 fue apresado por segunda vez, nuevamente sus seguidores se movilizaron pidiendo su libertad y la rebaja de los impuestos, gracias a la intervención de los sacerdotes se logra la libertad de Katari y la rebaja de los impuestos. Tomas Katari murió despeñado a la vista de la masa indígena el 15 de enero de 1781 inmediatamente los indígenas atacaron matando a muchos españoles, los indígenas tomaron represalias, pero al no contar con su líder pronto fueron sofocados, sus hermanos Dámaso y Nicolás continuaron con la revuelta, el 15 de enero de 1781 estalló la sublevación de Chayanta (Potosí), al mando de estos hermanos quienes tomaron el mando militar ocupando el centro minero de Aullagas.